有馬溫泉的起源是含有古老海水的地層，稱為蛇紋岩。
地層被菲律賓海板塊俯衝帶到上地幔，脫水，是與板塊直接相連的溫泉，世界罕見，從地下60公里湧出。
有馬溫泉是日本鹽分含量最高的溫泉。
原始的蛇紋岩據說是600萬年前的地層，裡面含有人類兩條腿站立時的古老海水，有馬溫泉的鹽度與之相當。這是一個真正永恆的溫泉。